The census of the internet

We have completed, to our knowledge, the largest and most comprehensive IPv4 census ever. With a growing number of IPv6 hosts on the Internet, 2012 may have been the last time a census like this was possible.

We hope other researchers will find the data we have collected useful and that this publication will help raise some awareness that, while everybody is talking about high class exploits and cyberwar, four simple stupid default telnet passwords can give you access to hundreds of thousands of consumer as well as tens of thousands of industrial devices all over the world.

http://internetcensus2012.bitbucket.org/paper.html

De series de tiempo a gráficas

En este capítulo Nuñez et al. hacen una revisión de distintos algoritmos de visibilidad que sirven para transformar una serie de tiempo en una gráfica y estudian las propiedades de la misma. La motivación, como ellos dicen, es la de aplicar herramientas que son más sencillas que las existentes para series de tiempo.


El algoritmo de "visibilidad natural" publicado en (Lacasa et al, 2008) es el que consiste en reconstruir la matriz de conectividad con el siguiente criterio, dos nodos i y j son vecinos en la gráfica si en la serie de tiempo se cumple que:

x(tk) < x(ti) + [x(tj)-x(ti)]*m

donde m = (tk-ti)/(tj-tk)

Es decir trazar una linea recta con pendiente mentre dos puntos en la serie de tiempo.

Otro algoritmo, llamado algoritmo de visibilidad horizontal, que consiste en trazar una línea recta horizontal entre dos puntos. El criterio para conectar dos nodos consiste en conectar a los nodos i y j siempre y cuando

xi, xj > xn  con n de tal forma que i < n < j

El capítulo lo pueden encontrar en esta liga: Visibility Algorithms: A Short Review

1. Angel M. Nuñez, Lucas Lacasa, Jose Patricio Gomez and Bartolo Luque (2012). Visibility Algorithms: A Short Review, New Frontiers in Graph Theory, Dr. Yagang Zhang (Ed.), ISBN: 978-953-51-0115-4, InTech, DOI: 10.5772/34810. Available from: http://www.intechopen.com/books/new-frontiers-in-graph-theory/visibility-algorithms-a-short-review

Sincronización en conversaciones

Uno de los buenos, viejos modelos de espines, esta vez aplicado a como la gente deja de hablar cuando está en un grupo.

 Incluye una interesante medida de sincronización basada en la probabilidad de un individuo de pasar de inactivo a activo (P_{na→a}) , y en la probabilidad de lo contrario P_{a→na}.

donde r_a es la proporción entre participantes activos y el total.


Tomoaki Akitomi, Koji Ara, Jun-ichiro Watanabe, and Kazuo Yano
Ferromagnetic interaction model of activity level in workplace communication
Phys. Rev. E 87, 034801 (2013)

PDF aqí

Identical mutations in separate populations

Or similar changes in the environment favor similar (and some times identical) mutations.

1. Grow E. coli in medium with glucose and acetate.
2. See how specialized populations emerge.
3. Sequence.
4. Observe parallel emergent changes in independent populations.

Herron, M. D. & Doebeli, M. 

Parallel Evolutionary Dynamics of Adaptive Diversification inEscherichia coli

PLoS Biol. 11, e1001490 (2013).

Un articulito de la falibilidad de googleflu, manifiesta la temporada 2012-13:

http://www.nature.com/news/when-google-got-flu-wrong-1.12413

menciona también los sistemas de monitoreo por reporte directo de síntomas -aunque parecen creer que empezaron hace dos años en Francia (¡!).

No need to see all

Or how to determine what elements of the network are good sensors.

Inference diagram is constructed by drawing a directed link (xi → xj). SCCs, which are the largest subgraphs chosen such that there is a directed path from each node to every other node in the subgraph, are marked with dashed circle; root SCCs, which have no incoming links, are shaded in gray. A potential minimum set of sensor nodes, whose measurements allow us to reconstruct the state of
all other variables is shown in red.

Yang-Yu Liu, Jean-Jacques Slotine, and Albert-László Barabási
Observability of complex systems

PNAS | February 12, 2013 | vol. 110 2460–2465

Articulo

Sinónimos mis polainas

El sesgo en el uso de codónes es un hecho. También lo es el correspondiente sesgo en la producción de tRNA's. En este artículo, se muestra como tal sesgo en tRNA's puede afectar la velocidad de transcripción, lo que, tratándose de una enzima clave, puede a su vez decrecer el fitnes de Methylobacterium extorquens.

En breve, las mutaciones sinónimas no son tan sinónimas, si se trata de genes clave.

Deepa Agashe, N. Cecilia Martinez-Gomez, D. Allan Drummond, and Christopher J. Marx

Good Codons, Bad Transcript: Large Reductions in Gene Expression and Fitness Arising from Synonymous Mutations in a Key Enzyme

Mol Biol Evol (2013) 30(3): 549-560 first published online December 4, 2012 doi:10.1093/molbev/mss273

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